Spoločnosť Naturalis SK, s.r.o., nadviazala na činnosť združenia Naturalis, ktorý vykonával inšpekciu od roku 1995 a neskôr aj certifikáciu. Niektorí inšpektori vykonávali svoju činnosť ešte pred vznikom združenia Naturalis na základe menovacích dekrétov vtedajšieho Ministerstva pôdohospodárstva Slovenskej republiky (MP SR).

Spoločnosť Naturalis SK, s.r.o., bola založená dňa 10.03.2004. Hlavnými predmetmi podnikania sú kontrola a certifikácia v ekologickej poľnohospodárskej výrobe (EPV).

Výkonom kontroly a certifikácie je spoločnosť oprávnená u prevádzkovateľov zaradených do ekologickej poľnohospodárskej výroby - výrobcov produktov, potravín, krmív a kŕmnych zmesí, osív a vegetatívneho množiteľského materiálu; osôb zberajúcich voľne rastúce rastliny a ich časti, huby a morské riasy; dovozcov z tretích krajín, obchodníkov a skladovateľov. Oprávnenie na výkon činnosť bolo vydané Ústredným kontrolným a skúšobným ústavom poľnohospodárskym Bratislava (ÚKSÚP) s platnosťou do 17. decembra 2014. Od 01.07.2010 používa Naturalis SK číselný kód SK-BIO-002, ktorý je zverejnený v zozname kontrolných organizácií členských štátov EÚ, vydaného Európskou komisiou. Tento kód je zapracovaný aj v logu inšpekčnej organizácie.

Kontrolnú činnosť a certifikáciu vykonáva Naturalis SK, s.r.o., v súlade s platnou legislatívou – Nariadením Rady (ES) č. 834/2007 o ekologickej výrobe a označovaní ekologických produktov, ktorým sa zrušuje nariadenie (EHS) č. 2092/91, Nariadením Komisie (ES) č. 889/2008, ktorým sa ustanovujú podrobné pravidlá implementácie nariadenia Rady (ES) č. 834/2007 o ekologickej výrobe a označovaní ekologických produktov so zreteľom na ekologickú výrobu, označovanie a kontrolu a Zákonom č. 189/2009 Z.z. o ekologickej poľnohospodárskej výrobe. Naturalis SK je jedinou inšpekčnou a certifikačnou organizáciou v ekologickej poľnohospodárskej výrobe v SR (Register inšpekčných organizácií v systéme ekologického poľnohospodárstva a výroby biopotravín v Európskej únii).

Výkon kontroly sa vykonáva aj v súlade s nariadením Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 882/2004 o úradných kontrolách uskutočňovaných s cieľom zabezpečiť overenie dodržiavania potravinového a krmivového práva a predpisov o zdraví zvierat a o starostlivosti o zvieratá.

Naturalis SK, s.r.o., je akreditovaný Slovenskou národnou akreditačnou službou (SNAS) podľa požiadaviek EN 45011 (Osvedčenie o akreditácii č. P-022 - certifikačný orgán), po reakreditácii v roku 2011 bolo vydané nové osvedčenie s platnosťou od 19.07.2011 do 19.07.2015. Zároveň je Naturalis akreditovaný podľa požiadaviek ISO/IEC 17020 (Osvedčenie o akreditácii č. I-031 - inšpekčný orgán). V roku 2010 bola vykonaná reakreditácia inšpekčného orgánu vrátane rozšírenia rozsahu činnosti o kontrolu kozmetických výrobkov a vozidiel. Po reakreditácii bolo vydané nové Osvedčenie o akreditácii č. I-031 s platnosťou od 17.12.2010 do 17.12.2014.